佛朗哥上台后，首先加强法西斯统治，大肆清洗一些民主运动人士以及西班牙共产党人，设立特别法庭，而且不允许这些“犯人”请辩护律师。据统计，到1939年底，有近50万人被投入监狱，以致“犯人”远远超过了当时监狱的最大容量，结果本应住两人的牢房住进10人左右，这样“犯人”只好轮流睡觉，每天只能睡两个小时。佛朗哥在国内还实行长枪党一党专制，取消共和时期的代议制度，颁布“关于一切权力归国家元首”的法令，立法、行政和司法等大权都由自己一人独揽，内阁各部部长，所有军、政要员甚至主教都由他任命，一切法律、法令都由他批准。

第二次世界大战爆发后，佛朗哥面临着是否参战的选择，这也是对他的统治的严峻考验。在整个大战期间，佛朗哥一直周旋于两大集团之间，看风使舵，利用英、美与德、意之间的矛盾，从中捞取好处。英法为了阻止佛朗哥靠近轴心国，不断地在经济上援助西班牙，以拉拢西班牙在大战中保持中立。佛朗哥考虑到西班牙的国力不强，同时也害怕德、意控制自己，在大战初期，有意地疏远轴心国。例如，在一次马德里盛大阅兵典礼上，由于佛朗哥故意把准备要出席的德国元帅戈林的名字排在法国驻西班牙大使贝当的后面，使这位早已将自己的指挥棒、元帅服送到马德里以施威摆阔的戈林受屈受辱，最后，放弃到马德里参加观礼。大战期间，佛朗哥宣布西班牙为中立国，游离于交战双方之外，时而靠近德、意，时而为英、法叫好。当德、意力促西班牙加入轴心国参战时，佛朗哥谨慎地予以回绝，他委婉地给德国外长里宾特洛甫写了一封长信，意思是说如果德国能拿出一个德、意必胜的证据来，酉班牙马上加入德、意集团。

然而，到1940年上半年，由于德国横扫西欧，连连获胜，热衷投机的佛朗哥保持中立的立场开始倾斜，他希望趁机收回被英国人控制两个多世纪的直布罗陀。6月，佛朗哥突然出兵占领丹吉尔。当时丹吉尔是由德、意、英、法四国共管的地区。佛朗哥在采取这一军事行动以前，只通知了德、意，而没有通知英、法。随后佛朗哥又提出收回直布罗陀的口号。

1941年6月，希特勒进攻苏联，佛朗哥被希特勒的胜利冲昏了头脑，表示完全支持希特勒的行动，并请求德国允许西班牙长枪党志愿军参加对苏战争，以报答1936～1939年间德国给西班牙兄弟般的援助。此时，佛朗哥仍留有后退的余地。对外，他只是宣布西班牙由中立国转变为非交战国，对德国，他强调“西班牙派志愿军并不等于站在德国一方参战。实际上，佛朗哥组织了一个由长枪党员组成的“蓝色师团”，穿上德国军队的服装，开赴苏联作战。到1943年，佛朗哥眼看轴心国取胜渺茫，马上又调整西班牙的外交政策，宣布西班牙由“非交战国”恢复中立，并下令召回在苏联作战的“蓝色师团”。

第二次世界大战结束后，佛朗哥在国内仍推行其恐怖统治。对长枪党以外的党派，尤其是共产党、社会党党员，大肆搜捕、关押，甚至处死，而且还使用阉割刑和绞刑（直到1963年才取消）。佛朗哥的这种恐怖暴虐统治，引起世界范围的强烈不满。1946年12月，联合国通过决议，建议所有联合国成员国从西班牙召回大使，决定只要西班牙保持现行制度，今后就不接纳西班牙为联合国会员国。面对这种国际孤立的局面，佛朗哥宣布实行闭关自守的孤立的经济政策，在国内开展仇视犹太人和一切外国人运动，禁止在公共场合悬挂写有外国字的招牌，鼓励使用本国产品。1947年，佛朗哥又签署《国家元首关于国家元首职位继承法》，宣布西班牙为立宪王国，规定佛朗哥有指定国王继承人，罢免国王继承人的权利。

在对外政策方面，由于美苏开始走向冷战，佛朗哥又开始利用美苏矛盾，实行亲美政策，表示愿意向美国提供军事基地。1953年，佛朗哥与美国签订了《美西协定》，根据这个协定，西班牙向美国提供海、陆、空四个军事基地。从而获得美国经济、技术上的援助，打破联合国对西班牙的制裁。依仗美国的势力和影响，佛朗哥在外交上有了更宽的活动空间。对英、法两国，佛朗哥也一直在寻找改善关系的机会，以此来增强同美国交往中讨价还价的实力。1963年，美西协定十年有效期已满，按规定重新讨论延期的条款。正值此时，美法关系十分紧张，佛朗哥又利用这一机会，发展与法国的关系，双方外事活动频繁，委员互访，发表联合公报，签订海空军联合演习协议等等。这样做，目的是为美西协定延期谈判作准备。在1963年签署的美西延期协议中几乎反映了西班牙的所有要求，通过这个协定，西班牙共接受40多亿美元的援助。佛朗哥又利用这些美元，购买美国的先进武器，武装西班牙军队。在70年代，西班牙是世界上六个进口武器最多的国家之一。

佛朗哥把世界上最后一个法西斯独裁政权维持近40年，除了实行暴政以外，还采取一些较灵活的安抚措施。他往往在血腥镇压了民众反独裁运动之后，也作一些让步。譬如，禁止解雇固定工人，建立较发达的社会保险制度，禁止把小佃农从土地上赶走，对政治犯减刑或特赦等等。佛朗哥实行的这种软硬兼施的法西斯独裁统治一直持续到1975年，是年11月20日，83岁的佛朗哥因冠心病复发而寿终正寝。佛朗哥在弥留之际是痛苦的，他的私人医生不得不用手指塞进他的喉咙抠出窒息着他的血块，他对医生说：“死也这么费劲”。佛朗哥死后，国内有些人用香槟酒庆祝，大街上空空荡荡，悄然无声，人们长期的积怨倾泻在这种空荡和安谧之中。西班牙当代最著名的诗人之一阿尔维蒂说：“西班牙史上最大的刽子手死了，地狱的烈火烧他，也不足解恨”。然而，当时的美国总统福特为他的死感到悲痛，认为佛朗哥经历了西班牙史上一个有意义的纪元。